Il tribunale di San Martin (non lontano dalla capitale Buenos Aires) lo ha ritenuto responsabile della morte di 56 oppositori politici, detenuti e uccisi nella base militare Campo de Mayo, di cui è stato comandante in seconda tra il '78 e il 79. In quel centro di tortura segreto, situato nella parte ovest di Buenos Aires (il più importante nell'ultimo periodo della dittatura), furono incarcerati circa 4.000 oppositori, quasi tutti desaparecidos . In seguito, Bignone (82 anni), fu l'ultimo dittatore che governò il paese, tra l'82 e l'83, fino al passaggio di consegne a Raul Alfonsin (il 10 dicembre '83) e al ripristino della democrazia. Ottenne la presidenza all'indomani della disfatta delle Malvine. Allora, il regime tentò di stornare il malcontento popolare invadendo le isole britanniche, sperando così di ricostruire un consenso fidando sul sentimento nazionale. Dopo tre mesi di guerra, però, Londra riprese il controllo dell'arcipelago e la sconfitta militare accelerò la fine della dittatura.
Nell'84, la Commissione nazionale sui desaparecidos pubblicò un primo rapporto sulle violazioni dei diritti umani durante il regime militare, intitolato Nunca mas (Mai più) e a una prima valutazione le persone scomparse risultarono circa 9.000. Un numero che le ricerche negli anni seguenti portarono a circa 30.000. Il rapporto, diventato un libro, è risultato poi l'opera più venduta in Argentina nei successivi dieci anni. Nell'85, nel primo processo alle giunte vennero comminati numerosi ergastoli, ma due leggi promulgate da Alfonsin - la legge Punto final e Obediencia Debida - misero allora fine alla resa dei conti. Con la prima, venne anticipata la prescrizione dei reati ai militari in attesa di giudizio, con la seconda vennero discolpati quelli accusati di atrocità per ordine degli alti comandi. Nel '90 sarà il presidente Carlos Menem a liberare i capi militari detenuti con un provvedimento di clemenza generale, in nome della riconciliazione nazionale. Solo nel 2003, con l'abolizione della legge di amnistia da parte del Congresso, riprenderanno i processi ai responsabili della «guerra sporca» come Bignone: un torturatore passato in secondo piano, dato il suo ruolo di governo in un periodo in cui la dittatura militare - ormai ingestibile anche per i suoi sostenitori dell'epoca, in primo piano gli Usa - aveva dovuto allentare parzialmente la tenaglia.
Insieme a Bignone, il tribunale di San Martin, non lontano dalla capitale Buenos Aires, ha condannato per gli stessi reati anche gli ex generali Santiago Omar Riveros, 83 anni, e Fernando Verplaetsen, 84 anni. Tutti hanno dichiarato di aver dovuto combattere, negli anni '70, una «guerra interna contro il terrorismo», eseguendo anche «ordini discutibili» emanati dai loro superiori. Una «guerra sporca» appresa alla Scuola delle Americhe, luogo di addestramento a guida Cia, che formò i più feroci dittatori dell'America latina. In un documentario uscito in Francia - Escadrons de la mort, l'ecole francaise (Squadroni della morte, la scuola francese)-, Bignone aveva anche spiegato come gli alti ufficiali argentini avessero imparato a combattere «la sovversione» dai loro omologhi francesi, che avevano applicato quei metodi contro la resistenza in Algeria. Argomenti che Bignone ha ribadito in un documento letto in tribunale, mentre nell'aula il folto pubblico ironizzava o ricordava gli orrori perpetrati dai militari, che usavano anche rapire i figli degli oppositori uccisi e darli in «adozione».
Soddisfazione per il verdetto è stata espressa dai familiari delle vittime. «La giustizia a volte tarda ad arrivare, ma è comunque arrivata e questo è l'importante», ha commentato Estela de Carlotto, la presidente dell'associazione Madri di Plaza de Mayo. Per il ministro della Giustizia argentino, Julio Alak, la sentenza è «un atto di giustizia esemplare perché riguarda uno dei più sanguinari rappresentanti del genocidio nazionale commesso tra gli anni 1976 e 1983». Bignone e i suoi complici dovranno scontare la pena in un carcere per detenuti comuni.