Due i punti più caldi di un conflitto nel quale i paesi africani e quelli Europei avevano già fatto comunque molte concessioni. Il primo era un articolo del protocollo (il numero 31) che ne subordinava l'efficacia agli altri trattati internazionali: mantenerlo avrebbe significato che le ragioni dell'ambiente e delal salute sarebbero sempre state subordinate a quelle del Wto (il trattato sul libero commercio internazionale); perciò europei e terzo mondo volevano abolirlo.

Ma la rottura cruciale è avvenuta sulle valutazioni di rischio. I sostenitori del protocollo proponevano che ogni paese importatore potesse chiederle prima della prima spedizione sul suo territorio della mercanzia genetica e che queste dovessero uniformarsi agli standard dettati dal protocollo stesso. Il Gruppo di Miami invece chiedeva che potessero essere chiesti solo sulla base delle leggi nazionali. In questo modo intendeva sfruttare il fatto che molti paesi in via di sviluppo ne sono privi; anziché assumere il carattere di un trattato globale, capace di dettare indirizzi comuni, il protocollo sarebbe stato ridotto a carta straccia.

Va ricordato che, pur avendo giocato un ruolo pesantissimo nella "battaglia di Cartagena", gli Stati uniti non hanno mai voluto firmare nemmeno il precedente trattato sulla biodiversità, ritenendolo lesivo dei propri interessi nazionali, ovvero industriali. Come ha commentato Helena Paul della Gaia Foundation: "gli interessi commerciali di sei paesi che raccolgono 500 milioni di abitanti hanno bloccato un'intesa che avrebbe fornito una base di sicurezza per 6 miliardi e mezzo di consumatori di tutto il mondo". Ora resta l'azione locale, dei singoli governi, ma questi saranno soggetti a pressioni crescenti in arrivo da Miami e sempre sottoposte al giudizio commerciale del Wto. Tutto è molto più difficile.